国家兽药残留基准实验室（以下简称基准实验室）2004年获批建设，是承担兽药残留技术标准研究、检验、监测、培训的国家级重要技术支撑机构。根据原农业部2008年发布的《国家兽药残留基准实验室管理规定》，基准实验室职责包括：
（一）起草相关兽药（药物）品种残留检测方法；
（二）参与制定国家兽药残留监控计划；
（三）负责兽药（药物）残留检测最终仲裁检验；
（四）提供兽药（药物）残留检测基准物质；
（五）对省级残留检测实验室进行技术指导；
（六）定期有针对性地组织比对试验；
（七）承担相应残留检测技术培训工作；
（八）负责收集、整理、分析和报告所承担品种的国内外残留监控信息；
（九）参与农业农村部组织的相关国际标准制定工作；
（十）为主管部门提供相关的技术咨询意见和建议；
（十一）完成主管部门交办的其他任务。
多年来，基准实验室围绕保障动物性食品质量安全和农业高质量发展，依托雄厚的人才储备和仪器设备，参与制定并组织实施国家兽药残留监控计划和兽药残留风险摸底监测。聚焦禁用兽药、停用兽药、有限量兽药及违禁添加物等动物性食品化学污染物，融合运用生物学方法和理化分析技术，开展兽药在肉、蛋、奶等动物性食品中残留检测方法、最大残留限量及残留消除规律技术研究，积极开展兽药残留检测用标准物质研制。定期组织面向农业系统兽药残留检测机构的培训班，开展有针对性的能力验证和技术指导，推动我国兽药残留检测方法标准的普及应用，促进农业系统检测机构能力整体提升。在完善我国兽药残留标准，保障动物性食品质量安全，促进新兽药创新研制，推动畜牧业绿色发展与服务乡村全面振兴等方面发挥了有力技术支撑作用。
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