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北京畜牧兽医研究所完成埃塞俄比亚5个地方山羊群体重要性状遗传基础解析工作

2020-04-17 13:58:00 来源:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所

    近日,我所畜禽种质资源保护与利用科技创新团队马月辉研究员指导埃塞俄比亚籍留学生Haile Berihulay首次对埃塞俄比亚5种不同地方山羊品种种质资源特性进行了挖掘和鉴定,为保种和育种策略的制定、品种的评估和利用提供了重要的遗传信息。

  埃塞俄比亚位于非洲之角的中心,经济上以农牧业为主,山羊是当地民众重要的生活资料和收入来源。埃塞俄比亚现存山羊3020万只,可以划分为7个遗传特征群体和14个表型特征群体。长期的自然选择和进化使山羊在形态、体型、毛色、繁殖性状以及适应能力上具有不同的特性。为充分发挥地方山羊品种的优良性状和生产潜力,该研究应用先进的基因组学分析方法对埃塞俄比亚地方山羊进行遗传评估和鉴定。

  该研究收集了来自埃塞俄比亚5个地方山羊品种的44份样品(Abergelle, Afar, Begait, Central Highland 和Meafure),通过对其进行重测序数据分析,共发现了1600万个SNP位点和123,577个插入缺失,在5个绵羊群体中分别发现11,137,576、 10,760,581、10,833,847、12,229,657、10,749,996个SNP位点。通过基于群体分化指数(FST)和杂合度(HP)两种方法对这些SNP位点和Indel进行选择信号分析,筛选重要候选基因,最终发现CAMK2D, KANK4NIN, RSPH6A 和UGT2A2基因与繁殖性状相关;SCN9A, GIGYF2 和PPP1R1A基因与体重相关;TMEM117基因与脂肪酸代谢相关;PPP4R3B 和PNPT1基因与疾病相关。该研究为埃塞俄比亚优良地方品种保种方案的设计、优秀品种的管理、山羊地方品种的遗传改良提供了重要的理论指导。

  基于该研究的文章全基因组重测序解析埃塞俄比亚地方山羊群体重要性状相关选择信号(“Whole genome re-sequencing reveals selection signatures associated with important traits in Ethiopian indigenous goat populations”)已在线发表在中科院JCR生物2区期刊《Frontiers in Genetics》(IF:3.52),第一作者Haile于2016年加入牧医所畜禽种质资源保护与利用科技创新团队,为动物遗传育种与繁殖遗专业博士研究生,以第一或共同第一作者发表学术论文6篇,获得2019年中国农科院优秀毕业生荣誉称号。(通讯员:浦亚斌)

  

 

 

图:五个本地山羊种群的地理分布和样本采集地

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